Inhaber europäischer Patente oder Anmelder eines europäischen Patents, das vor dem Ende einer mindestens siebenjährigen Übergangszeit ab Inkrafttreten des EPGÜ erteilt oder angemeldet wurde, können während der gesamten Laufzeit des Patents die Zuständigkeit des EPG ausschließen („opt-out“), es sei denn, es wurde bereits eine Klage beim EPG eingereicht. Dazu muss der Patentinhaber bei der Kanzlei des EPG einen Opt-out-Antrag stellen. Das Opt-out wird mit seiner Eintragung in das Register wirksam. Ein solches Opt-out kann jederzeit zurückgenommen werden (durch eine „Opt-in“-Erklärung), es sei denn, es wurde bereits eine Klage vor einem nationalen Gericht erhoben. Drei Monate vor Aufnahme der Tätigkeit des EPG wird eine Sunrise-Periode beginnen, die es ermöglicht, Opt-out-Anträge in Bezug auf bereits erteilte europäische Patente und anhängige europäische Patentanmeldungen bereits vor Beginn der Tätigkeit des EPG zu stellen.
Es ist wichtig zu beachten, dass die Möglichkeit des Opt-out oder der Klage vor einem nationalen Gericht nicht für Einheitspatente besteht.